UMAIPUR utiliza como fuentes los denominados índices de citas de la colección principal del Web of Science™ (WoS): Science Citation Index Expanded (SCI), Social Science Citation Index (SSCI), Arts & Humanities Citation Index (A&HCI) . Para identificar la producción científica de Puerto Rico se ha utilizado como estrategia de búsqueda y recuperación la expresión: (PR AND USA) en el campo de afiliación institucional (Address) desde la interfaz de búsqueda de WoS. Con los registros recuperados se creó una base de datos, en colaboración con los colegas de IUNE-UC3M , en la que se realizó un cuidadoso proceso de normalización de las direcciones institucionales, lo que permite mayor precisión en la recuperación de la producción de instituciones puertorriqueñas, al identificar y recuperar variantes de dichas direcciones, incluso cuando no está incluido el nombre de la universidad ni los códigos postales asociados con la institución. Esto es particularmente útil en el caso de la Universidad de Puerto Rico e imprescindible para lograr resultados confiables. Las descargas de WoS se hacían durante los veranos de cada año, de esta forma se alcanzaba una mayor cobertura de los datos correspondientes al año anterior del año en curso.
Para el análisis de las áreas de investigación y disciplinas científicas emergentes se utilizó la clasificación temática de las revistas en el Journal Citation Reports®, Science Citation Edition y Social Science Citation Edition. Las disciplinas fueron agrupadas en seis grandes áreas o categorías, según la clasificación que realiza WoS para cada una de las revistas que indiza: Arts & Humanities (Artes y Humanidades – ART-HUM), Life Sciences (Ciencias de la Vida – BIO), Experimental Sciences (Ciencias Experimentales – EXP), Social Sciences (Ciencias Sociales – SOC), Architecture, Engineering and Computer Sciences (Arquitectura, Ingenierías y Ciencias de Cómputo – ING), y Medicine and Pharmacology (Medicina y Farmacología – MED). No obstante, dado que Ciencias Sociales y Artes y Humanidades están menos representadas en las fuentes utilizadas, hecho este que constituye uno de los sesgos tradicionalmente asociados con el uso de los índices de citas, el análisis en el apartado de áreas y disciplinas de investigación se hace únicamente para las cuatro categorías restantes.